Con la finalidad de promover la explotación racional de los recursos naturales del Estado mediante su industrialización, así como la creación de empresas que generen empleos y la utilización de recursos financieros del sector privado, en el establecimiento de plantas industriales, se expidió la Ley de Fomento Industrial, por decreto número 178 publicado en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Durango, el 28 de enero de 1968, quedando a cargo su aplicación a la entonces Dirección de Planeación y Promoción Económica. Como consecuencia de las reformas a la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Durango, publicadas en el Periódico Oficial número 54 el 31 de diciembre de 1979, en el año de 1980 se creó la Secretaría de Desarrollo Económico, Programación y Presupuesto que entre otras funciones se ocuparía de promover, regular y fomentar el desarrollo industrial, comercial, artesanal, minero, agrícola, acuícola y de servicios en el Estado.
En el año de 1987, su nombre cambió al de Secretaría de Desarrollo Económico.
En el año de 1992, se le dio una nueva estructura. En esta ocasión se le nombró a la dependencia como Secretaría de Desarrollo Industrial, Comercial y Minero; el cambio estaba enfocado a descentralizar las funciones de Cinematografía y Turismo, así como las del ramo agropecuario.
Con objeto de fortalecer el sistema de control y evaluación gubernamental, por decreto administrativo expedido por el titular del Poder Ejecutivo, en el Periódico Oficial N° 20 del 20 de marzo del 2000, se establecen los órganos de control interno o contralorías internas como unidades administrativas dentro de la estructura orgánica de cada dependencia.
De acuerdo con lo estipulado en el Considerando Noveno de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Durango, publicada en el Periódico Oficial N°. 51 de la fecha 24 de diciembre del 2000, la dependencia retoma nuevamente el nombre de Secretaría de Desarrollo Económico, a partir del día 27 del mes citado.
Con base en lo señalado en el Acuerdo Administrativo publicado en el Periódico Oficial Núm. 38 del 8 de noviembre de 2001, se transfiere de la Secretaría General de Gobierno a la Secretaría de Desarrollo Económico, la coordinación general del Servicio Estatal de Empleo.
Con el propósito de dirigir adecuadamente todos los servicios del Gobierno del Estado relacionados con las diferentes actividades económicas de los particulares, mediante Decreto Administrativo publicado en el Periódico Oficial Núm. 42 del 22 de noviembre de 2001, las Secretaría recibió la coordinación general de la Dirección de Turismo y Cinematografía, la cual se integró formalmente a la estructura de la SEDECO, en virtud del Decreto Núm. 279 publicado en el Periódico Oficial Núm. 35 del 30 de octubre de 2003, que reforma la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado. Mediante decreto número 56 publicado en el Periódico Oficial Núm. 51 del 23 de diciembre de 2004, por el que se reforman, derogan y adicionan diversos artículos de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Durango, se adicionaron al artículo 32 las fracciones XLI a XLVI, en las que se especificaban las facultades de la Secretaría en materia de turismo.
De conformidad con lo dispuesto en el Decreto Administrativo que modifica el acuerdo administrativo en virtud del cual se transfiere la coordinación general del Servicio Estatal de Empleo de la Secretaría General de Gobierno a la Secretaría de Desarrollo Económico, a partir de noviembre de 2006, el Servicio Estatal de Empleo se integró a la estructura orgánica de la Secretaría de Desarrollo Económico, como la Dirección del Servicio Estatal de Empleo, dependiente de la Subsecretaría de Fomento Económico Nacional. En octubre de 2007, se creó la Comisión de Mejora Regulatoria como organismo desconcentrado de la Secretaría, dependiendo directamente del Secretario
Por disposición del artículo 6 de la Ley de Mejora Regulatoria del Estado de Durango, publicada en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Durango número 12 del 9 de agosto de 2007, en octubre de 2007, se creó la Comisión de Mejora Regulatoria como organismo desconcentrado de la Secretaría de Desarrollo Económico.
Mediante el Decreto que contiene reformas y adiciones a diversas disposiciones de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Durango, publicado en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado número 53 del 30 de diciembre de 2007, se escindió de la Secretaría de Desarrollo Económico la Dirección de Turismo y Cinematografía para crear la Secretaría de Turismo, con el personal y recursos materiales de la Dirección de Turismo y Cinematografía, motivo por el cual la Secretaría de Desarrollo Económico dejó de tener la facultades relacionadas con dicha dependencia.
Con el Decreto que contiene reformas a los artículos 28 y 29 y adición de un artículo 36 Bis de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Durango, publicado en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado número 4 del 13 de julio de 2008, se transfirió el Servicio Estatal de Empleo de la Secretaría de Desarrollo Económico a la Secretaría del Trabajo y Previsión Social, con lo que se dejaron de tener dichas funciones.
En octubre de 2010 se hizo necesaria una reestructuración de la dependencia, incluyendo la creación de nuevas áreas, entre ellas la Subsecretaría de Fomento para las Micros, Pequeñas y Medianas Empresas, y la Subsecretaría de Fomento Económico cambió su nombre por Subsecretaría de Fomento de la Inversión Nacional.
A efecto de responder mejor a las necesidades del entorno y de la sociedad, las cuales demandan una mayor presencia de la Secretaría en todo el Estado, con más programas en beneficio de la sociedad, se crea la Subsecretaría de Minas y Energía